生成物を削除して再構築するためにはすでに動いているTomcatのプロセスが終了しないといけない。ファイルをつかみっぱなしになってしまう。これはフレームワークを選択したときにだけ起こる問題ではない。Windowsで差分配備をすると常に起こる問題だ。
Windows版のTomcatは管理ツールを使ってアップロード後のデプロイする場合も問題がおきやすい。warファイルがコピーされるのだが、それをTomcatのプロセスがつかみっぱなしになるようだ。NetBeansの問題というよりはWindowsに対応しきれていないTomcatの問題だろう。
これを改善する一番簡単な方法はディレクトリ配備をやめることだ。NetBeans6.0ではglassfishではディレクトリ配備をしないことが可能だ。
詳しくは以下を参照。
http://d.hatena.ne.jp/shin/20080313/p1
ちなみにNetBeans5.5.1では設定項目自体がないので注意。6.0にアップグレードするのがいいだろう。