カスタマイザを起動し、JPAの設定を行います。
そうすると型の設定が選べますがここで表示されるのは日本語です。クラスの型なんて下手に日本語化するとわからなくなりますが、100歩譲ってそのままでもいいとしましょう。
でも生成されるコードもこれはさすがにまずい・・・。
そのほか、JPAと関連付けされていないタイプのカラムの型にも問題が発生します。
ですが上記と同じ方法では発生しません。ちゃんとIntegerなどが上のほうにあるテーブルに設定されます(ただし、コンボボックスは日本語)。ですが、そのテーブル上にあるコンボボックスの動作がおかしいです。
いわゆるセルエディタの設定をしくじった場合によく見られるありがちなコードのようです。ここはローカライズしないほうがいいと思います。おそらく英語版ではこのバグは発生しないでしょうね。