コンソールウインドウで標準出力が最初表示されないようなので、これを解決するのにものすごく時間がかかる。
100%起動直後はコンソールウインドウがおかしくなるようだ。ウインドウを閉じて実行しても新しいウインドウが表示されることはない。いろいろといじっているとそのうち標準出力等があると自動的にコンソールウインドウが立ち上がって表示してくれるようになる。
もしかして数々の不具合ってupdate12がらみだったりして?NetBeansでも一部不具合が出てたことからしてありえるかも?
[追記]
どうやらeclipse.exeやjavaw.exeが大量に残ってるみたい。メモリ使用量は3.5GB、コミットチャージで5GBこえてた。というかなんで32bitOSでそこまでいくかわからん…。削除してOSごと再起動したら大丈夫なようだ。
起動後のCPU100%状態がかなり長いが、NetBeansのタスクウインドウを有効にした場合もそんな感じなのでどっちもどっちか。強いてあげるならばEclipseはマルチスレッドで処理をしてるのか、すべてのCPUコアを使い切るのでその間のPCの応答速度がかなりやばい。