今回はゲームパッドの対応です。
http://qiita.com/shinsan68k/items/e96a782521ac8e384f31
スマホはタッチインターフェースも必要なこともあり、ゲームバランスなどを考えてもパッド対応したいと思うことはまずないでしょう。せいぜい移植もののみ。
一方でPCやWebならばキーボードのほかにパッド対応しておくのが望ましいと考えます。
Desktop版もlibGDXはWindowsのほか、MacやLinuxも動きますので、スマホと都のクロスプラットフォームではなく、Win/Mac/Linux/WEBというクロスプラットフォームな方向だけで利用してもよいと思います。