Eclipse 3.6あたりでNetBeansと相性がよくなってるのにお気づきでしょうか?
EclipseのAntのバージョンが上がっていてNetBeansの自動生成するbuild.xmlがEclipse上からそのまま実行可能です。実際に実行してみるとbuildフォルダにコンパイルされたクラスファイルやリソースが、distフォルダにダブルクリックで実行可能なマニフェスト付のjar生成と依存ライブラリのコピー、javadoc生成をしてくれます。
一番手軽に共通のプロジェクトを作る方法はEclipseプロジェクトのインポートです。しかし、これだとEclipseの通常のJavaプロジェクトはリソースファイルのコピーとクラスのコンパイルしかしないシンプルなものということでNetBeansではライブラリプロジェクトとして生成されてしまいます。これではダブルクリックで実行可能なjarファイルは生成してくれません。
mainファイルの指定とクラスパスを自動で通したい場合、プロジェクトの新規作成から既存ソースを利用するを選択するのがオススメです。
